Trzecia generacja Passata została zaprezentowana na targach motoryzacyjnych w Genewie w 1988 roku i była dostępna jako sedan oraz jako kombi o nazwie Variant.
Volkswagen skoncentrował się na tych dwóch wersjach nadwozia, rezygnując z wersji hatchback. Sedan był odpowiedni dla rodzin oraz menedżerów średniego szczebla. To był pierwszy Volkswagen zbudowany na niezależnej platformie, wyposażony w silnik montowany poprzecznie, zamiast wzdłużnie, jak w jego poprzednikach.
Passat był uważany za samochód średniej wielkości w Europie. Jego głównymi konkurentami były modele z Opla, Fiata oraz francuskich producentów. Z przodu pojazdu znajdował się płaski panel, który pokrywał przestrzeń między kwadratowymi reflektorami. Volkswagen polegał wyłącznie na kratce wmontowanej w zderzak, aby chłodzić silnik. Ogólny, czysty design nie miał nic, co mogłoby zaimponować, ani nic, co mogłoby przeszkadzać. Za tylnymi drzwiami zamontowano trzeci rząd okien, co przyczyniło się do jaśniejszego wnętrza oraz zwiększyło widoczność kierowcy. Z tyłu dostępna była podwyższona klapa bagażnika z małym spojlerem jako opcja.
Wewnątrz deska rozdzielcza została udoskonalona i miała szeroką tablicę wskaźników, która sięgała do centralnej konsoli. Zawierała również centralne wentylatory. Niemieccy inżynierowie rozważali umieszczenie systemu audio powyżej systemu klimatyzacji. W odróżnieniu od większości samochodów na rynku, Passat był dostępny z automatycznym systemem klimatyzacji o nazwie Climatronic (tylko w specyfikacji EU). Producent zainstalował dwa siedzenia z przodu oraz szeroką kanapę dla trzech osób z tyłu. W zależności od poziomu wyposażenia i opcji, samochód mógł mieć elektryczne szyby we wszystkich czterech drzwiach.
Pod maską, w zależności od rynku, Volkswagen oferował szeroki wybór silników o mocy od 68 KM do 174 KM. Standardową skrzynią biegów w całej gamie był pięciobiegowy manual, podczas gdy czterobiegowa automatyczna była dostępna w wybranych wersjach.
Trzecia generacja Passata (wprowadzona w 1988 roku w Europie, w 1990 w Ameryce Północnej, a w 1995 w Ameryce Południowej) była całkowicie nowym samochodem. Jego zaokrąglony wygląd różnił się diametralnie od prostokątnej sylwetki poprzednika i w dużej mierze zawdzięczał to stylowi „w foremce na galaretkę”, który został zapoczątkowany przez Forda z modelem Sierra. Brak grilla sprawiał, że przednia część samochodu przypominała starsze, tylnonapędowe Volkswageny, takie jak model 411.
W tamtym czasie był to pierwszy Passat zbudowany na samodzielnie zaprojektowanej platformie, zamiast dzielić ją z sedanem Audi. Mimo że auto nosiło oznaczenie B3 w nomenklaturze platform VW, w rzeczywistości opierało się głównie na platformie A, stosowanej w mniejszych modelach Golfa. Dostępne były tylko wersje sedan i kombi, bez opcji fastback znanej z poprzednich modeli. Wprowadzono go na rynek pod nazwą Passat we wszystkich krajach.
Silniki z wtryskiem paliwa były całkowicie nowe i zapewniały lepsze osiągi i kulturę pracy niż wcześniej stosowane jednostki gaźnikowe. Silniki były montowane poprzecznie, a podłoga pojazdu została zaprojektowana z myślą o systemie napędu na cztery koła VW Syncro. Nowy silnik V6 VR6 o pojemności 2.8 (stosowany także w Golfie i Corrado) był dostępny w 1991 roku, dając topowemu Passatowi prędkość maksymalną wynoszącą 224 km/h (139 mph).
Facelifting w 1993 roku
Passat Mk 3 przeszedł duży facelifting w 1993 roku i od tego czasu czasami określano go jako Passat Mk IV; Volkswagen nawet zmienił nazwę platformy na B4. Ta wersja była dostępna w latach 1995-1997 w Ameryce Północnej.
Choć samochód mechanicznie był prawie identyczny z pierwotnym Mk 3, z wyjątkiem zachowanych szyb, każdy zewnętrzny panel karoserii był nowy. Najbardziej zauważalną zmianą zewnętrzną była ponowna introdukcja grilla, który pasował do stylu innych modeli Volkswagena z tej samej generacji, takich jak Mk 3 Golf, którego styl nie nawiązywał do oryginalnego Mk 3 Passata. Wersja kombi z kolei podkreślała związek z oryginalnym Mk3. Wnętrze również zostało zaktualizowane, a poprawione wyposażenie bezpieczeństwa, w tym podwójne poduszki powietrzne z przodu, zostało dodane.