Toyota wprowadziła drugą generację modelu MR2 w 1989 roku na rok modelowy 1990, kontynuując historię swojego sportowego samochodu z silnikiem umieszczonym z tyłu, oferując nawet bardziej ekscytujący model niż jego poprzednik, a nie chodziło tylko o moc.
Stworzenie pojazdu, który nie dzieliłby żadnych podzespołów poza silnikiem z innymi modelami Toyoty, nie miało zbyt wiele sensu dla tej marki. Mimo to, Toyota zdecydowała się na ten krok, aby przyciągnąć młodych klientów do swoich salonów. To były czasy, gdy japoński producent oferował nie jeden, ale kilka ekscytujących, sportowych aut, takich jak Celica czy Supra MKIV. MR2 był innym rodzajem samochodu sportowego. Był mały, zwinny, a jego silnik znajdował się za kabiną, co czyniło go niepraktycznym do rodzinnych obowiązków, ale był szybki i przyjemny w prowadzeniu. I to właśnie wielu młodych klientów oczekiwało.
W późnych latach 80. i na początku lat 90. dostępnych było tylko kilka samochodów z silnikami umieszczonymi w środkowej części, a większość z nich to były drogie supersamochody. Toyota odważyła się na taki krok, ustawiając ceny w tej samej kategorii co czterodrzwiowa Camry. Z przodu auto miało niską nos i wysuwane światła, podobnie jak jego poprzednik, lecz stylizowane inaczej, z zaokrąglonymi liniami zamiast kanciastych kształtów. Zderzak zawierał światła parkingowe oraz kierunkowskazy, a w dolnej części wzbogacony był o kratkę z poziomymi żebrami i zestaw lamp przeciwmgielnych, które były na liście opcji.
W profilu MR2 wyróżniała się wznoszącą linią dachu i tylną częścią kabiny. Jego dwudrzwiowa sylwetka przypominała Ferrari, dlatego zyskał reputację „Małego Ferrari”. Toyota zamontowała zestaw wlotów powietrza za tylnymi drzwiami, które dostarczały powietrze do komory silnika. Aby jeszcze bardziej poprawić chłodzenie silnika, producent dodał zestaw otworów wentylacyjnych na pokrywie silnika z tyłu kabiny. Na końcu, z tyłu, zamontowano skrzydło na tylnej klapie oraz podwójne wydechy, które były umiejscowione pod tylnym zderzakiem dla sportowego wyglądu.
Wewnątrz, dwumiejscowy MR2 oferował nisko zamontowane fotele kubełkowe oddzielone konsolą środkową. Zegar wskaźników umieszczony przed kierowcą dostarczał informacji o prędkości, obrotach, temperaturze wody i poziomie paliwa. Dodatkowo, wersje z turbodoładowaniem miały wskaźnik doładowania. W środkowej części znajdowały się kontrolki systemu klimatyzacji oraz systemu audio, który jako opcja mógł mieć zarówno odtwarzacz kasetowy, jak i odtwarzacz CD w desce rozdzielczej. Toyota udostępniła MR2 z dachem T-top, dzięki czemu klienci mogli zdjąć dwa panele z dachu, zostawiając jedynie podłużny wspornik, co dawało wrażenie kabrioletu.