Lexus nie zamierzał czekać zbyt długo i odkładać wprowadzenia na rynek nowej generacji modelu GS, dlatego w 1997 roku producent zaprezentował drugą wersję tego modelu, sprzedawaną w Stanach Zjednoczonych jako model na rok 1998.
Pierwsza generacja GS była dostępna na rynku tylko przez cztery lata, zanim producent zdecydował się na jej wymianę. W przeciwieństwie do poprzedniego modelu, który został zaprojektowany przez Italdesign Giugiaro, drugą wersję tego modelu stworzył Akihiro Nagaya, członek zespołu projektowego Lexusa. Był to radykalnie nowy pomysł, a nagle GS przestał wyglądać jak europejski sedan premium. Jego tożsamość wizualna różniła się od konkurencji. Wnętrze również zostało znacznie ulepszone i oferowało więcej przestrzeni oraz udogodnień. W komorze silnikowej wprowadzono tylko drobne zmiany, a silnik 2JZ-GE pozostał w użyciu.
Lexus był już uznawany za producenta wysokiej jakości produktów w segmencie premium. Maniakalna dbałość o perfekcyjne wykończenie nie miała sobie równych w tej kategorii, co zaczęto doceniać. Łatwo było to zauważyć w przedniej części GS-a, która była wyposażona w cztery trójkątne reflektory z zaokrąglonymi rogami, zamiast dwóch, jak w poprzedniej generacji tego modelu. Flankowały je trapesoidalna, chromowana osłona chłodnicy ozdobiona smukłymi pionowymi żebrami, na której centralnie umieszczono logo producenta. Niżej, w zderzaku, linia GS zachowała szeroki, pojedynczy wlot powietrza z lampami przeciwmgielnymi, jak w jego poprzedniku. Jednak uzupełniono go na dolnej stronie o zderzak, aby wyglądał bardziej sportowo.
Druga generacja GS, mająca krótszy rozstaw osi i długość, ujawniła bardziej kompaktowe wymiary, przez co szyby wydawały się wyższe niż wcześniej. Dodatkowo, lekko zaokrąglone słupki C nadal odzwierciedlały pomysł organicznego wyglądu swojego poprzednika, mimo że styl biodesign już zaczynał wychodzić z mody. Z tyłu GS miał unikalny design tylnych świateł, który nawiązywał do przedniego wyglądu samochodu. Oprócz pary lamp umieszczonych w narożnikach tylnych błotników, dodatkowa para świateł hamowania znajdowała się na klapie bagażnika, flanking tablicę rejestracyjną. W rezultacie klienci poszukujący eleganckiego pojazdu mogli łatwo dostrzec różnicę między Lexusem GS a innym pojazdem premium.
Wewnątrz, pomimo krótszego rozstawu osi, kabina była przestronniejsza niż w poprzedniku. W zależności od wersji pojazdu klienci mogli cieszyć się skórzanym wykończeniem i drewnianymi detalami na desce rozdzielczej i konsoli centralnej. Przed kierowcą znajdował się panel instrumentów w stylu binokularnym, z prędkościomierzem pośrodku i wyświetlaczem LCD na dole dla licznika kilometrów. Po lewej stronie znajdował się obrotomierz, a po prawej wskaźniki poziomu paliwa i temperatury chłodziwa, plus wskaźnik skrzyni biegów. Fotele zaprojektowano z myślą o komforcie i oferowały tylko przeciętne boczne wsparcie z przodu. Równocześnie pasażerowie z tyłu mieli dużo miejsca na nogi i głowę. Jednak przestrzeń na ramiona była wystarczająca głównie dla dwóch osób, które mogły dzielić centralną składana podłokietnik. Jak w większości innych samochodów z napędem na tylne koła, GS miał wysoki tunel środkowy, który przebiegał przez pojazd od przodu do tyłu.