Podobnie jak w przypadku trzeciej generacji serii 3, E36, BMW kazało swoim klientom czekać na zapowiedź wersji coupe czwartej generacji tego modelu, którą zaprezentowano pod koniec 1998 roku.
Wprowadzenie E46, czyli fabrycznego kodu tego samochodu, w listopadzie 1997 roku dla rocznika 1998 szybko sprawiło, że fani marki zaczęli się dopytywać BMW, kiedy ujrzymy wersję coupe. Odpowiedź przyszła rok później, w grudniu 1998 roku, dla rocznika 1999. Podobnie jak w poprzedniej generacji, producent nie ograniczył się do dodania dwóch drzwi i wydłużenia przednich, lecz wprowadził szereg istotnych usprawnień w zawieszeniu i wnętrzu. Dodatkowo, ta wersja po raz pierwszy w historii modelu była dostępna z silnikami turbodiesel oraz napędem na cztery koła. Niemniej jednak, wersje AWD, określane w języku producenta jako xDrive, zyskały dużą popularność wśród tych, którzy nie chcieli Bimmera z powodu tylnego napędu.
W przeciwieństwie do sedana, który został zaprojektowany przez Chrisa Bangle’a i Wolfganga Reitzle, coupe było dziełem Erika Goplen. Wziął on przód sedana i lekko go „ściśnął”, aby nadać mu węższy wygląd, ale musiał zastosować te same reflektory, aby obniżyć koszty produkcji. Podobnie jak jego czterodrzwiowy brat, posiadał słynną osłonę chłodnicy BMW zintegrowaną z przednią częścią maski, a nie jako oddzielny element. Niżej, na zderzaku, coupe serii 3 miało nowy styl, z szerokim wlotem powietrza oraz dostępnym pakietem w stylu M, który nadawał mu agresywnego wyglądu.
Podczas gdy sedan był ulubieńcem rodzin, coupe było skierowane do klientów, którzy nie potrzebowali tylnych siedzeń i dla których wygląd miał duże znaczenie. W efekcie, niskie coupe miało długą maskę, za którą znajdowało się pochylone w jeszcze większym stopniu przednie szybkie. Dodatkowo, niższy dach był krótki i zaokrąglony, kończąc się na opadającym tylnej szybie. Producent zainstalował z tyłu krótki, płaski tylny pas. W rezultacie, profil samochodu wyglądał dynamicznie nawet na postoju. Ci, którzy wybierali wyższe wersje, otrzymywali coupe serii 3 na 16-calowych felgach, podczas gdy wersje bazowe były dostępne z 15-calowymi.
Wnętrze, zorientowane na kierowcę, miało znany motyw projektowy BMW, chociaż w E46 centralna konsola była lepiej zintegrowana niż w poprzedniej generacji. Niemniej jednak, koncepcja układu pozostała zachowana, z radiem umieszczonym w górnej części, a przyciskami HVAC niżej. W przeciwieństwie do swojego poprzednika, coupe serii 3 nie miało wyświetlacza komputera pokładowego w tym miejscu, lecz był on zintegrowany z zestawem wskaźników. Z E46 coupe BMW wprowadziło nową standardową funkcję dla tej wersji nadwozia. Pas bezpieczeństwa miał automatyczny mechanizm zintegrowany z słupkiem B, który „serwował” frontowym pasażerom te urządzenia zabezpieczające, gdy wsiadali do samochodu. Dzięki dłuższemu rozstawowi osi, w porównaniu do E36, w tylnej części na kanapie było wystarczająco miejsca na nogi, a nawet wystarczająco dużo miejsca na głowę dla pasażerów dorosłych.