Po negatywnych recenzjach dotyczących modelu Atos z 1998 roku, Hyundai szybko zareagował, angażując swoich inżynierów do intensywnej pracy nad poprawą wyglądu pojazdu oraz zwiększeniem jego mocy.
Zwykle producenci samochodów potrzebują kilku lat na wprowadzenie zmian w wyglądzie lub udoskonaleniu swoich modeli. Na szczęście Hyundai potrzebował tylko roku, aczkolwiek efekty nie były rewelacyjne. Na szczęście były wystarczająco dobre, by mały Atos MPV pozostał na rynku przez cztery lata, aż do momentu wprowadzenia poważnego faceliftingu.
Design, który prezentował jedynie wysoki pojazd z małym przodem typu hatchback, próbował być praktyczny. W porównaniu do swojego poprzednika, Atos Spirit zyskał nowe reflektory, które lepiej pasowały do przodu, chociaż nie do całego samochodu. Ponieważ ogólna konstrukcja nadwozia nie mogła być znacząco poprawiona, słupki A pozostały niezmienione. Słupki C zostały jednak zmienione i lekko przechylone do przodu. Dodatkowo, tylne światła zostały umieszczone niżej, co poprawiło wygląd pojazdu z tyłu.
Wewnątrz pojazdu nastąpiły pewne zmiany w zakresie użytych materiałów. Na szczęście wnętrze było wystarczająco przestronne dla czterech pasażerów, ale niekoniecznie dla pięciu. Z przodu deska rozdzielcza wyglądała tak samo. Nawet cyfrowy zegar z zegarem skierowanym w stronę kierowcy pozostał bez zmian. W podstawowej wersji brakowało klimatyzacji, ale była dostępna w wyższych klasach.