Po pierwszej próbie stworzenia przystępnego cenowo, kompaktowego hatchbacka klasy premium, BMW podjęło kolejną próbę, wprowadzając drugą generację modelu 3 Series Compact, a następnie zakończyło ten projekt.
BMW zaprezentowało model trzydrzwiowego hatchbacka na targach motoryzacyjnych w Genewie w 2001 roku, a publiczność była zaskoczona, kiedy odkryto przednią część samochodu. Nie miało ono nic wspólnego z serią 3. Co więcej, nie przypominało żadnego innego modelu BMW w historii, poza charakterystycznym grillem. Producent próbował na próżno przekonać klientów, że to lekki, przyjemny w prowadzeniu hatchback z napędem na tylne koła. Niestety, samochód miał wiele wad, które wpłynęły na sprzedaż. Mimo że był napędzany tymi samymi silnikami co reszta gamy E46, model E46/5 (kod fabryczny) był zupełnie innym pojazdem. Posługiwał się również starszymi częściami, takimi jak tylna oś, która była przekładnią ze starszego modelu serii 3 E30.
Przedni pas był jednym z najbardziej kontrowersyjnych elementów pojazdu. W rzeczywistości większość klientów uznała go za po prostu brzydki. Na pewno nie zdobył żadnych nagród za urodę, ale nie był też złomem. Jego reflektory, mimo że były jednoczęściowe, wyglądały jak dwa odrębne elementy, jeden do świateł drogowych umieszczony w centralnej części pojazdu, a drugi dla świateł mijania i postojowych. Dodatkowo, lampy kierunkowskazów były niezależnymi elementami, które wyglądały na zintegrowane z głównymi reflektorami. Na dolnej części zderzaka BMW zamontowało szeroki wlot powietrza.
Z profilu, BMW 3 Series Compact E46/5 z 2001 roku ukazywał swój krótki zwis przedni i długi kapelusz w porównaniu do reszty nadwozia. Ponieważ dzielił większość podzespołów z serią E46, producent stworzył przednie błotniki, które wyglądały jakby pochodziły z reszty gamy, chociaż były unikalne dla wersji Compact. BMW nie oszczędzało na tym pojeździe i stworzyło specjalne drzwi, zamiast korzystać z bezramowych z modelu 3 Series Coupe (E46). Aby szybko przewietrzyć kabinę, ponieważ tylko przednie okna mogły się otwierać, producent zastosował system wysuwanych szyb bocznych. Na koniec, z tyłu, duża klapa bagażnika miała wycieraczkę i dedykowane światła tylne z przezroczystymi osłonami.
W środku klienci mieli szeroki wybór funkcji i wykończeń wnętrza. Wysokie fotele boczne trzymały pasażerów na miejscu podczas manewrów w zakrętach przy dużych prędkościach. Z tyłu, druga generacja 3 Series Compact oferowała więcej miejsca na głowę, chociaż wpłynęło to na ogólny wygląd pojazdu. Kierowcy mieli do wyboru kierownicę czteroramienną lub trzyramienną. Deska rozdzielcza pochodziła z gamy E46 i zawierała zintegrowany środkowy panel oraz mnóstwo funkcji.