Pierwsza generacja modelu GS została zastąpiona po zaledwie czterech latach na rynku, podczas gdy druga generacja utrzymała się przez osiem lat, z liftingiem w 2000 roku, przeznaczonym na rok modelowy 2001.
Lexus zaczął zagrażać innym producentom samochodów premium swoimi modelami, w tym GS, który mógł stawać w szranki z takimi autami jak Mercedes-Benz Klasy E, Lincoln LS czy Cadillac Seville. Jednak podczas gdy wszyscy inni konkurenci byli produkowani przez uznane, prestiżowe marki z wieloletnią historią, marka Lexus była na tyle młoda, że nie mogła jeszcze wejść do baru. Z drugiej strony, Lexus, jako luksusowa marka Toyoty, starał się przekonać klientów jakością swoich produktów, wysokim poziomem rzemiosła i przekonującymi wskaźnikami niezawodności. Dodatkowo, wpakował w swoje auta najnowsze technologie pokładowe, przyciągając coraz więcej klientów z innych uznanych marek do swoich salonów.
Produkcja nowych modeli szła Toyocie lepiej niż odświeżanie starszych, dlatego aby odróżnić model GS z 2001 roku od wersji z 1997 roku, szczególnie w niższych wersjach, potrzebne było wprawne oko. Odświeżona wersja samochodu miała podobnie wyglądające reflektory, chociaż niektóre z nich miały światła ksenonowe zamiast halogenowych, w zależności od rynku. Kratka pomiędzy nimi, chociaż miała ten sam kształt, miała mniej pionowych szczelin niż wersja bez liftingu. Na dolnym zderzaku nie było zauważalnych różnic.
Podobnie było z profilem samochodu, z najważniejszą poprawą na przednich błotnikach. W modelu z 1997 roku znajdowały się dodatkowe lampy sygnalizacyjne umieszczone po bokach zderzaka, natomiast w wersji z 2001 roku pojawiły się okrągłe pomarańczowe migacze zamontowane na błotnikach, za nadkolami. Oferowane były też nowe wzory 16- i 17-calowych felg aluminiowych. Z tyłu, model GS z 2001 roku miał inny design świateł tylnej części nadwozia. W odświeżonej wersji lampy sygnalizacyjne umieszczono na dolnej części, zamiast w środkowym segmencie, jak w modelu bez liftingu.
Wnętrze kabiny powitało klientów świeżym wyglądem. Przed kierowcą znajdował się nowy, lepiej wyposażony, wielofunkcyjny zestaw przełączników sterujących systemem audio. Pod nawiewami centralnymi Lexus oferował opcję systemu multimedialnego z ekranem dotykowym, zawierającego nawigację i odtwarzacz kasetowy. Dla niektórych było to nietypowe połączenie nowoczesnej technologii z urządzeniami muzycznymi w stylu retro. Na szczęście producent nadal zachował 12-płytowy odtwarzacz w bagażniku. Większość wersji była wyposażona w tapicerkę skórzaną oraz drewniane wykończenia we wnętrzu.