W 2001 roku Lotus wprowadził na rynek wersję 2 modelu Elise, nadając jej odświeżony wygląd, który uczynił lekki brytyjski samochód sportowy jeszcze bardziej pożądanym.
Elise stał się dla brytyjskiego producenta prawdziwym przełomem. Lekki samochód z targa-top zyskał światową sławę w zaledwie kilka lat. Mimo niskiej mocy, był szybszy na torach wyścigowych niż wiele innych samochodów sportowych z tamtej epoki. Ponadto, jego zdolność do pokonywania zakrętów była doskonała. Jednak wkrótce klienci zaczęli narzekać na to, jak auto radzi sobie w ruchu miejskim. Było zbyt sztywne, z ubogim wnętrzem, a niektóre linie designu nie były najprzyjemniejsze w użytkowaniu na drodze. Wówczas Lotus postanowił poprawić swój bestseler i w 2001 roku wprowadził Elise Series 2.
Najważniejsza zmiana w wyglądzie zewnętrznym miała miejsce z przodu, gdzie podwójne okrągłe reflektory zostały zastąpione reflektorami w kształcie wężowych oczu, które integrowały dwa światła główne oraz światła postojowe. Pomiędzy nimi, na górnej części zderzaka, producent zamontował nowy zestaw eliptycznych kierunkowskazów. Na dolnej części, przeprojektowana atrapa chłodnicy była otoczona dwoma bocznymi wlotami powietrza. Jedyną rzeczą, na którą nikt się nie skarżył, były masywne wentylacje wydechowe na przednim panelu.
Z profilu, samochód zachował ogólny kształt z pochyloną przednią szybą i krótką kabiną. Jednak zamiast wcześniejszych małych wlotów powietrza umieszczonych na panelach bocznych, Lotus zainstalował wyższe i szersze, które sięgały do rzeźbionych paneli drzwi. Wreszcie, z tyłu, model Elise miał zintegrowany spoiler lipowy w tylnej pokrywie, który ukrywał bagażnik i komorę silnikową. Kolejną poprawą był zdejmowany dach, który łatwiej było założyć i zdjąć. Z tyłu, znak Lotus zajmował centralne miejsce na tylnej części pojazdu, podczas gdy okrągłe tylne światła pozostały podobne. Inną zmianą były wydechy, które zostały przeniesione w dół w porównaniu do ich pierwotnej pozycji w Elise Series 1 i zintegrowane z dyfuzorem pod zderzakiem.
Kabina była nadal ciasna z powodu szerokich progów nadwozia z aluminium, co zmusiło Lotus do zainstalowania smukłych sportowych foteli. Pomiędzy nimi, wąska konsola środkowa mieściła hamulec ręczny i dźwignię zmiany biegów. W modelu z 2001 roku klienci mogli zamówić samochód z deską rozdzielczą pokrytą Alcantarą, co zmniejszało odblaski i nadawało mu bardziej luksusowy wygląd. Mimo to, zestaw wskaźników pozostał podobny, z dwoma dużymi tarczami dla prędkościomierza i obrotomierza oraz kilkoma lampkami kontrolnymi poniżej.