Po udanym wprowadzeniu na rynek pierwszej generacji modelu Navigator w 1997 roku, amerykański producent luksusowych samochodów szybko zastąpił ten model nowym, w 2003 roku, a zmiany były ogromne.
Wiosną 2002 roku Lincoln zaprezentował drugą generację modelu Navigator. Luksusowy SUV starał się zachować przewagę nad swoim głównym konkurentem, Cadillac Escalade, oferując klientom bogate wnętrze wykończone skórą. Pomimo że duży i ciężki pojazd oparty był na tej samej platformie co Ford Expedition, posiadał unikatowe udogodnienia, w tym samopoziomujące się zawieszenie powietrzne z tyłu oraz elektrycznie otwieraną klapę bagażnika, co było wyjątkowe w przypadku SUV-ów.
Na przedzie, Lincoln Navigator z 2003 roku wyróżniał się imponującym przodem z kaskadowym grillem o pionowych chromowanych szczelinach. Był jeszcze szerszy niż jego poprzednik i miał wyższe reflektory z bocznymi kierunkowskazami. Wszystkie trzy wersje miały ten sam zderzak w kolorze nadwozia z wbudowanymi okrągłymi lampami przeciwmgielnymi. Dodatkowo, producent dodał plastikowe wykończenie na dolnej części, które naśladowało rock slidera.
Lincoln oferował Navigatora z 2003 roku w trzech wersjach: Premium, Luxury i Ultimate. W zależności od poziomu wyposażenia, samochód mógł mieć różne standardowe lub opcjonalne funkcje zewnętrzne. W najwyższej wersji SUV miał podesty, które wysuwały się przy wsiadaniu lub wysiadaniu z pojazdu, a chowały się podczas jazdy. Zestaw plastikowych listew pokrywał dolną część drzwi, tworząc wrażenie pojazdu o większym prześwicie. Bez względu na wersję, wszystkie miały 17-calowe felgi aluminiowe. Później producent dodał 18-calowe zestawy do całej gamy. Z tyłu, prostokątne lampy tylne rozciągały się od błotników do klapy bagażnika, poprawiając luksusowy wygląd pojazdu. Obłożony plastikowym zderzakiem tylnym zawierał osłonę, która przykrywała centralnie umieszczony hak holowniczy, co pozwalało klientom używać go tylko w razie potrzeby, zachowując ogólną estetykę SUV-a, gdy nie był używany.
Jednak najważniejsze zmiany w 2003 roku w stosunku do swojego poprzednika znajdowały się we wnętrzu. Podczas gdy model z 1998 roku miał deski rozdzielcze zapożyczone z Forda Expedition, druga generacja luksusowego SUV-a miała swoją unikalną. Przed kierowcą znajdował się prostokątny zestaw wskaźników z zaokrąglonymi rogami i tylko czterema zegarami. Producent umieścił duży prędkościomierz na środku, po lewej stronie znajdował się obrotomierz, a po prawej wskaźniki poziomu paliwa i temperatury. Zegary do amometru i ciśnienia oleju zostały usunięte. SUV z trzema rzędami siedzeń miał skórzane fotele i konsolę sufitową zamontowaną na podsufitce, która zawierała odtwarzacz DVD, lampki do czytania i schowek. Z tyłu klienci mogli wybrać pojazd z kanapą dla trzech osób lub fotelami kapitańskimi. Tylny rząd siedzeń miał dużo miejsca na nogi i głowę. Ponadto, trzeci rząd mógł być uruchamiany elektrycznie, co umożliwiało jego opuszczanie lub podnoszenie za pomocą dwóch przycisków umieszczonych w bagażniku, przekształcając pojazd z przewoźnika osób w transportowiec w kilka sekund.