Pierwsza generacja coupe XKR zakończyła swoją podróż pod koniec 2005 roku, kiedy to na Międzynarodowym Salonie Samochodowym we Frankfurcie brytyjski producent motoryzacyjny zaprezentował całkowicie nowego XKR z 2006 roku.
Ford był zadowolony z wyników, jakie przyniosła linia XK8-XKR, i namówił Jaguara do wprowadzenia nowej generacji. W efekcie, na początku 2000 roku, Ian Callum, który kierował działem stylizacji Jaguara, rozpoczął prace nad projektem X150. Tym razem nie musiał polegać na starej platformie XJS, lecz na nowej, wspólnej z modelem XJ, który Jaguar zaprezentował w 2002 roku. Z technicznego punktu widzenia, niektóre części zostały przeniesione z poprzedniej generacji XKR, ale zostały zmodernizowane, aby spełnić nowe normy emisji Euro 4, które były obowiązkowe w UE. W związku z tym, pod koniec 2005 roku, brytyjski producent wprowadził na rynek drugą generację tego modelu na rok 2006, ponownie uszczęśliwiając swoich klientów.
Wygląd samochodu był ostrzejszy dzięki nowym reflektorom, zaokrąglonym od wewnętrznej strony i o kanciastym kształcie z zewnątrz. Ian Callum zachował owalny wlot powietrza ozdobiony grillem z metalowej siatki, w którym umieszczono logo marki. Taka sama siatka w stylu kurzym pokrywała dolną część zderzaka na przedniej osłonie, a po obu stronach umieszczono parę małych lamp przeciwmgielnych w oddzielnych grupach. Podobnie jak w oryginalnym XKR z 1998 roku, model z 2006 roku miał parę otworów wentylacyjnych na masce, ale o znacznie nowocześniejszym designie.
Z boku, 2006 XKR prezentował się jak typowe GT, z długą maską i niskim podwójnym dachem. Za przednimi nadkolami producent zamontował pionowe chromowane wykończenia. Ian Callum zachował pięcioramienny design kół, ale w tej generacji samochodu było to bardziej widoczne. Aby podkreślić obszar okien, producent zamontował chromowaną listwę, która go otaczała, czyniąc go bardziej eleganckim. Najważniejszą różnicą w porównaniu do poprzedniego XKR była tylna część, gdzie Jaguar zamontował klapę bagażnika zamiast pochylonego okna z osobnym otwarciem bagażnika. Dzięki temu dostęp do przestrzeni bagażowej był łatwiejszy. Ponadto, tylny zderzak wyposażono w nowe lampy tylne, które rozciągały się z błotników na klapę bagażnika. Na koniec, pod zderzakiem, XKR miał dwa podwójne rury wydechowe po bokach, zamiast pojedynczych stosowanych w poprzednim modelu XKR, wersji X100.
Wewnątrz samochodu umieszczono wnętrze wykończone skórą, ozdobione aluminium i jasnoszarymi detalami. Kierowca miał przed sobą nową, trójramienną kierownicę z kilkoma przyciskami do sterowania jednostką multimedialną. Zainstalowano również nową tablicę przyrządów, w której mieściły się dwie duże tarcze dla prędkościomierza i obrotomierza oraz wyświetlacz TFT pomiędzy nimi. Centralna konsola mieściła nowy kolorowy wyświetlacz dotykowy dla systemu infotainment. Jaguar wkroczył w nową, bardziej zdigitalizowaną erę. Klienci byli powitani fotelami z wysokimi boczkami, które zapewniały odpowiednie wsparcie boczne dla tak szybko wyglądającego i szybko poruszającego się GT.