Jedynie trzy lata po wprowadzeniu drugiej generacji modelu Ypsilon, Lancia dodała pierwsze odświeżenie swojego najmniejszego pojazdu w ofercie.
Włoski producent samochodów zaprezentował pierwsze odświeżenie modelu Ypsilon pod koniec 2006 roku. Wcześniej, cicho zmodernizował gamę silników, aby spełnić normy emisji Euro 4, które stały się obowiązkowe od stycznia 2006 roku. Razem z odświeżoną wersją, Lancia wprowadziła również ESC na liście opcji, system bezpieczeństwa, który producent wiedział, że wkrótce stanie się obowiązkowy. Mimo to, w ramach tych aktualizacji, producent wprowadził również pewne wizualne zmiany w wyglądzie zewnętrznym samochodu. W efekcie klienci byli zadowoleni z nowych pojazdów, a producent mógł kontynuować sprzedaż Ypsilon, co pomogło utrzymać zmagającą się włoską markę przy życiu.
Czasami różnice między pojazdem po faceliftingu a tym bez faceliftingu są tak subtelne, że potrzebne jest dobre oko do szczegółów. Na szczęście dla Lancia, tym razem tak nie było. Model Ypsilon z 2006 roku miał przeprojektowany grill z większą liczbą pionowych szczelin oraz nowe reflektory z przezroczystymi soczewkami. Dodatkowo, dolny zderzak był całkowicie nowy i posiadał dolny grill w kształcie litery A, otoczony parą wlotów dla dostępnych lamp przeciwmgielnych.
Z profilu, Ypsilon z 2006 roku zyskał nową dekorację na słupku B, z chromowanym logo w kształcie litery Y, pochodzącym z nazwy modelu. Samochód stał się również dostępny w nowych kolorach, a Lancia oferowała go w pięciu wersjach wyposażeniowych. Niemniej jednak, podstawowe wersje były wyposażone w stalowe felgi i dekory, a tylko wyższe wersje, takie jak Żółte Złoto i Platyna, miały w standardzie felgi aluminiowe. Na koniec, z tyłu, producent zamontował nowe światła tylne z przezroczystymi soczewkami, które zastąpiły wcześniej stosowane, czerwone od góry do dołu. Ostatnim szczegółem, zderzak tylny był nowy i posiadał chromowaną poziomą szczelinę, kończącą się czerwonymi wykończeniami po zewnętrznych stronach. Co ważne, samochód nie był już dostępny z czarnymi gumowymi paskami, które chroniłyby lakier przed drobnymi rysami na parkingu.
Wewnątrz kabiny, producent nie uważał, że musi zbytnio poprawiać pojazd. Podczas gdy inni producenci samochodów musieli zrezygnować z zamiaru wstawienia zestawów wskaźników montowanych centralnie z powodu wymagań klientów, Lancia się na to nie zdecydowała. Co więcej, pozostawiła ten sam wysoko umieszczony dźwignię zmiany biegów na konsoli centralnej. Mimo to, producent rozważał zaoferowanie nowej jednostki multimedialnej o nazwie Blue&Me, z łącznością Bluetooth i USB do odtwarzaczy MP3 oraz iPodów. Z tyłu klienci mogli zamówić samochód z dzieloną kanapą (50/50), aby zwiększyć przestrzeń bagażową.