Lincoln próbował stworzyć pojazd skierowany do młodszego pokolenia, starając się dotrzeć do tych klientów, których nie przyciągnęły modele Town Car ani Navigator.
Ze świeżą, klinowatą sylwetką oraz platformą przejętą od Mazdy 6, Lincoln Zephyr z 2006 roku zdecydowanie wyróżniał się jako nowość dla amerykańskiej marki luksusowej. Ponadto był wyposażony w najnowsze technologie motoryzacyjne w zakresie zawieszenia, rozwoju silników oraz systemów multimedialnych. Samochód nosił nazwę po Lincoln Zephyr z lat 1936-1942 i użyto jej tylko w modelu z 2006 roku. Później auto sprzedawano już pod nazwą MKZ.
Od przodu Lincoln Zephyr z 2006 roku robił wrażenie swoimi szerokimi, prostokątnymi reflektorami. Flankowały je kratki chłodnicy w stylu wodospadu ozdobione chromowanymi pionowymi żebrami. Poniżej znajdował się owinięty plastikowy zderzak z prostokątnym dolnym wlotem powietrza, po bokach którego umieszczono kwadratowe reflektory przeciwmgłowe. Dzięki tym prostym liniom pojazd wyglądał na luksusowy, doskonale wkomponowany w segment rynkowy marki.
Profil pojazdu z wznoszącą się linią dachu tworzył dynamiczny obraz Lincolna Zephyra z 2006 roku. Lusterka drzwiowe kontynuowały klinowaty motyw designu auta. Mimo proporcji z kabiną przesuniętą do przodu, średniej wielkości luksusowy samochód sprawiał wrażenie sportowego i młodzieżowego. Oczywiście, klienci przyzwyczajeni do wyglądu starszych generacji LS czy Continental mogli mieć wątpliwości, ale młodsze pokolenie było nim zainteresowane. Z tyłu szerokie lampy tylne rozciągały się od błotników do pokrywy bagażnika, podkreślając szerokość pojazdu. Jednocześnie, na dolnej części zderzaka, producent umieścił podwójne prostokątne końcówki wydechu po obu stronach, niczym w rasowym samochodzie sportowym.
Wnętrze Lincolna kontynuowało klinowaty język designu Zephyra. Umieszczono kwadratowy zestaw wskaźników przed kierowcą, z dużymi tarczami prędkościomierza i obrotomierza. Dodatkowo, na górnej części środkowej sekcji deski rozdzielczej znalazły się wskaźniki poziomu paliwa oraz temperatury. Obfitość aluminium i jasnego drewna w połączeniu z skórzaną tapicerką potwierdziła status pojazdu w segmencie premium. Jednak Lincoln wiedział, że młodzi nabywcy koncentrują się również na technologii. W związku z tym w centralnej konsoli zamontowano system multimedialny z ekranem dotykowym, a dostępny był także system dźwiękowy THX. Z tyłu, dzielona (60/40) kanapa mogła pomieścić do trzech pasażerów. Jednak środkowe miejsce miało ograniczoną przestrzeń na nogi.