Lincoln zaktualizował linię modelową MKT na rok 2013, wprowadzając nie tylko zmiany w wyglądzie zewnętrznym, ale również poprawiając technologię pokładową i napęd.
Kiedy Lincoln wprowadził crossover MKT w 2009 roku, światowy kryzys finansowy negatywnie wpłynął na finanse producentów samochodów. Ford uznał, że wprowadzenie ekskluzywnego crossovera pod marką Lincoln to dobry pomysł. W rezultacie powstał pojazd z trzema rzędami siedzeń, oparty na Fordzie Flex. Choć sprzedaż nie była rewelacyjna, klienci docenili ten samochód. Dodatkowo, ponieważ auto dzieliło platformę z modelem Lincoln MKS i Ford Taurus, jego koszty produkcji były stosunkowo niskie. Jednak podczas wprowadzenia pojazdu w 2012 roku rynek zaczął się odbudowywać, a technologia została ulepszona. W rezultacie Lincoln zaktualizował linię MKT, aby spełnić wymagania klientów. Mimo to sprzedaż nadal malała, a w 2019 roku producent zdecydował się na zakończenie produkcji tego modelu, zastępując go modelem Aviator.
Podobnie jak jego „brat” MKS, Lincoln MKT z 2013 roku zyskał nowy, świeży wygląd. Jego przednia część zrezygnowała z charakterystycznej kratki w formie wodospadu na rzecz podziału skrzydeł, inspirowanego modelem Lincoln Zephyr z 1936 roku, z cieńszymi skośnymi żeberkami. Dodatkowo nowe, opadające reflektory zostały wyposażone w żarówki o wysokiej intensywności, co znacznie poprawiło widoczność podczas jazdy nocą. Ponadto zderzak został przeprojektowany i ozdobiony chromowanymi detalami wokół klastrów świateł przeciwmgielnych.
Z profilu prawie nie było zmian. Choć w całej gamie standardowo znajdowały się te same 19-calowe polerowane aluminiowe felgi, Lincoln wprowadził opcję większych, 20-calowych kół o dziesięcioramiennym wzorze. Podobnie jak w wersji sprzed faceliftingu, Lincoln MKT z 2013 roku miał czarne dolne elementy na progach i zderzakach, co podkreślało zdolność pojazdu do pokonywania nieutwardzonych dróg, zwłaszcza jeśli był wyposażony w napęd na wszystkie koła. Z tyłu, szerokie światła tylne przebiegały przez pokrywę bagażnika i miały bardziej wyrazisty wygląd.
Wnętrze pojazdu zyskało zupełnie nowy design deski rozdzielczej. Lincoln MKT z 2013 roku był wyposażony w centralnie umieszczony prędkościomierz, flankingowany przez konfigurowalne wyświetlacze TFT. Takie rozwiązanie pojawiło się również w innych modelach Lincoln. Centralna konsola otrzymała nowy system infotainment z dostępną jednostką nawigacyjną z ekranem dotykowym. Niestety, przyciski dotykowe dostępne w modelu MKS nie zostały zastosowane w gamie MKT. W standardowej konfiguracji, pełnowymiarowy luksusowy crossover Lincolna oferował siedzenia dla siedmiu osób. Klienci mogli jednak zamówić pojazd z sześcioma indywidualnymi siedzeniami. Jednak ostatni rząd siedzeń był głównie przeznaczony dla dzieci, ponieważ przestrzeń na nogi i wysokość sufitu były ograniczone.