Audi wprowadziło wersję kombi modelu A6 w 1998 roku, rok później niż jego sedan w wersji ze trzema nadwoziami.
Druga generacja A6 została zaprojektowana na zupełnie nowej platformie, w przeciwieństwie do swojego poprzednika, który korzystał z tej samej bazy co Audi 100 z 1990 roku. Dzięki temu A6 mogło konkurować z głównymi rywalami, takimi jak BMW serii 5 i Mercedes-Benz klasy E. Producent nie polegał tylko na wielkości pojazdu, aby zasiąść przy tym samym stole co dwaj inni niemieccy producenci samochodów premium. Wyposażono go w zaawansowaną technologię oraz system napędu na wszystkie koła Quattro. Wersja kombi, nazwana Avant, oferowała więcej przestrzeni bagażowej niż 5 Series Touring, ale mniej niż E-Class T-Model.
Z przodu, A6 Avant wyróżniała się tym samym frontem co sedan, z ostrymi reflektorami i zamontowanymi w rogach, przezroczystymi kierunkowskazami. Producent dodał chromowaną ramkę do kratki w centralnej części maski, natomiast zderzak miał czarną, niepomalowaną część na dolnej stronie. A6 Avant pokazywało swoją wydłużoną linię dachu oraz dodatkowe okno boczne zamontowane za tylnymi drzwiami, widoczne z profilu. Pochylona tylna klapa przypominała kształt starszych modeli Audi 100 Avant, jednak była mniej nachylona.
Wnętrze Audi oferowało przestronną kabinę, która pomieściła pięciu dorosłych pasażerów. Zainstalowano w nim wygodne fotele kubełkowe, a kierowca miał do dyspozycji różne opcje, w tym podgrzewane siedzenia. Tylną kanapę 60/40 można było złożyć, co zwiększało przestrzeń bagażową z 455 litrów (16 cu-ft) do 1,590 litrów (56.1 cu-ft).