Audi S6 z 2006 roku doczekał się również wersji kombi. Był to model z największym silnikiem benzynowym, jaki kiedykolwiek zainstalowano w nadwoziu A6, zarówno w wersji sedan, jak i kombi.
Na dużym, jednolitym grillu z chromowanymi akcentami, zarówno na obręczy, jak i pionowych żebrach, dyskretnie znajdował się czerwono-srebrny emblem S6. Pięć diod LED po każdej stronie, umieszczonych pod reflektorami, opowiadało swoją historię: jedna dioda dla każdego cylindra pod maską. Były też inne detale, takie jak emblemy V12 na błotnikach i srebrne osłony lusterka, ale ostatnią rzeczą, jaką zauważyłaby większość innych kierowców na drodze, były cztery owalne końcówki wydechu, które ładnie wkomponowano w tylny zderzak. Przestrzeń bagażowa była ogromna, z pojemnością 546 litrów (19,2 cu-ft), którą można było zwiększyć do 1660 litrów (70,3 cu-ft) po złożeniu tylnych siedzeń.
W środku znajdowało się nowe urządzenie infotainment o nazwie MMI, które integrowało nawigację, sterowanie ogrzewaniem i wentylacją oraz system audio. Był to system typu all-in-one, dostępny za pomocą pokrętła na konsoli centralnej, z kilkoma przyciskami wokół niego.