Po wolnym starcie na rynku, Chrysler wprowadził drugą generację modelu Neon w 1999 roku jako model na rok 2000, zaledwie cztery lata po tym, jak na taśmie produkcyjnej pojawił się pierwszy Neon.
Pomysł na ekonomicznego, sportowego sedana, który Chrysler oferował na amerykańskim rynku, nie był zły, ale efekt był daleki od oczekiwań firmy. Honda Civic, Toyota Corolla, Volkswagen Jetta oraz niedawno zaktualizowana Nissan Sentra dominowały w sprzedaży, podczas gdy Dodge/Plymouth Neon walczył o przetrwanie na rynku.
Zewnętrzna stylistyka została wzbogacona o nową parę większych reflektorów oraz wąski grillek pod maską, połączony cienką, chromowaną linią z sygnalizatorami kierunkowskazów zamontowanymi wewnątrz. W dolnej części zderzaka dodano szeroki grillek przypominający uśmiechniętą twarz. Niestety, bardziej przypominał grymas niż uśmiech. Jedną z cech, które sprawiały, że pierwszy model wyglądał dobrze, były okna bezramkowe. Od modelu na rok 2000 Neon wyposażony był w okna ramowe.
Wnętrze ozdobione było przyzwoicie wyglądającą deską rozdzielczą, z zestawem wskaźników, który zaczynał się nad centralnym panelem i sięgał do panelu drzwi. Niezależnie od poziomu wyposażenia, z tyłu nie było standardowych elektrycznych szyb, ale były dostępne w opcji. Kolejnym problemem Neona była jakość materiałów. Deska rozdzielcza, panele drzwiowe, centralny panel oraz wszystkie inne powierzchnie wykonane były z twardego plastiku.
Pod maską Chrysler oferował silnik o pojemności 1,6 litra (ten sam, który znajdował się w pierwszej generacji Mini) oraz dwie wersje jednostki 2,0-litrowej. Moc trafiała na przednie koła za pośrednictwem 5-biegowej manualnej skrzyni lub 4-biegowej automatycznej.
Produkcja drugiej generacji modelu rozpoczęła się w roku modelowym 2000, a zakończyła w roku modelowym 2005. Druga generacja modelu Neon dostępna była tylko jako sedan czterodrzwiowy. W niektórych regionach, w tym w Stanach Zjednoczonych, jedynym dostępnym silnikiem był silnik SOHC o pojemności 2.0 L, z opcjonalną konfiguracją Magnum (w tym aktywnym kolektorem ssącym), który generował moc 150 KM.
Druga generacja była znacznie bardziej dopracowana niż jej poprzednik. Reklamowano, że w drugiej generacji Neona wprowadzono ponad 1000 ulepszeń w porównaniu do oryginału. Bezdoprębowe okna pierwszej generacji (które odsuwały się od drzwi przy silnym wietrze bocznym) zastąpiono pełnoprawnymi drzwiami. Liczne inne poprawki dotyczące hałasu i wibracji (NVH) uczyniły samochód znacznie cichszym i bardziej przyjemnym w użytkowaniu. Jednak bardziej dopracowane wnętrze i większe rozmiary wiązały się z zwiększoną wagą. To, w połączeniu z wycofaniem silnika DOHC, spowodowało, że druga generacja była mniej konkurencyjna na torze wyścigowym.
W 2001 roku powrócił wariant R/T po rocznej przerwie. Model R/T wyposażony był w nowy silnik SOHC Magnum o mocy 150 KM, 16-calowe koła, spoiler, podwójne chromowane końcówki wydechu, szybszą skrzynkę kierowniczą i twardsze sprężyny. R/T z 2001 roku miał spoiler w stylu lotniczym, który był dostępny tylko przez jeden rok — w 2002 roku modele R/T miały zaokrąglony spoiler (mniejsza wersja skrzydła SRT4). Neon oferował również pakiet Sport tylko w roku modelowym 2001. Składał się on z skrzydła R/T, 16-calowych kół R/T, sprężyn R/T, białego zestawu wskaźników i skrzynki kierowniczej R/T. Był wizualnie podobny do R/T, z wyjątkiem braku podwójnego wydechu, dolnych wykończeń R/T, lamp przeciwmgielnych oraz ekskluzywnego zderzaka R/T. Sport był wyposażony tylko w silnik o mocy 132 KM z podstawowego modelu i był dostępny z automatyczną skrzynią biegów (w przeciwieństwie do manualnego modelu R/T).
Gdy DaimlerChrysler wycofał markę Plymouth, wcześniejsze modele Dodge i Plymouth Neon były przez krótki czas sprzedawane pod nazwą Chrysler w Kanadzie w latach 2000-2002, aż zostały zastąpione modelem SX2.0. W Europie, Australii i Azji samochód zawsze sprzedawano jako Chrysler, ponieważ marki Dodge i Plymouth nie były tam reklamowane. Oprócz silnika 2.0 L, używano również tego samego silnika Tritec o pojemności 1.6 L, który znajdował się w BMW MINI przed 2007 rokiem. Jednostka 1.6 L jest wariantem silnika SOHC 2.0 L zaprojektowanego przez Chryslera i wytwarzanego wspólnie przez Chryslera i Rovera.
Początkowo druga generacja Neona wyposażona była w pięciobiegową manualną skrzynię biegów z wykorzystaniem wcześniejszych przełożeń ACR, aby zrekompensować spadek przyspieszenia spowodowany większą wagą. Jednak wpłynęło to negatywnie na spalanie i sprawiło, że samochód był głośniejszy na autostradzie, co ostatecznie doprowadziło do przywrócenia oryginalnych przełożeń wraz z pierwotnym spalaniem. W 2001 roku Neon otrzymał czterobiegową automatyczną skrzynię biegów, która początkowo była źle skonfigurowana. To zostało poprawione rok później. Neon nigdy nie miał tylnych elektrycznych szyb, korzystając z manualnych okien tylnych i elektrycznych przednich.