Podczas gdy Ford przygotowywał się do wprowadzenia na rynek trzeciej generacji modelu Mondeo, dział marketingu uznał, że wersja kombi wciąż ma wiele do zaoferowania.
Był to jeden z największych pojazdów w swojej klasie, a przestronna przestrzeń bagażowa umożliwiała przewiezienie studenta z domu na uczelnię w jednej podróży, bez potrzeby korzystania z przyczepy. Duże kombi zaprojektowano tak, aby spełniało potrzeby rodziny, która nie chciała minivana. Po złożeniu tylnych siedzeń, nadawał się również jako miejsce do spania.
Z trójkątnymi światłami przednimi przechodzącymi przez maskę oraz smukłą, zakrzywioną atrapą chłodnicy, druga generacja Mondeo okazała się sukcesem. Został wprowadzony na rynek w 2000 roku, jednak jego design nie wyszedł z mody. Mimo to Ford postanowił przeprowadzić modernizację, lekko zmieniając przedni zderzak oraz reflektory.
Wnętrze prezentowało się dobrze, z deski rozdzielczej oferującej dwa duże wskaźniki dla obrotomierza i prędkościomierza oraz dwa małe wyświetlacze LCD na ich dole. Miłym akcentem luksusu była owalna zegar na centralnej konsoli, nad opcjonalnym systemem multimedialnym, który oferował odtwarzacz CD oraz nawigację satelitarną. Ponieważ Mondeo było dobrze znane z umiejętności przejazdu zakrętów z dużą prędkością, producent postanowił zainstalować wyższe oparcia w przednich fotelach, aby utrzymać pasażerów na miejscu. Z tyłu, dzielona tylna kanapa pozwalała na zwiększenie pojemności bagażnika do 1700 litrów (60 cu-ft) z przyzwoitych 538 litrów (19 cu-ft).
Model z 2005 roku otrzymał nową gamę silników, w tym silniki wysokoprężne Duratorq oferowane w czterech różnych mocach.
Druga generacja modelu Ford Mondeo zadebiutowała w październiku 2000 roku. Ten Mondeo był zdecydowanie większy od swojego poprzednika, a mimo że Ford zrezygnował z nowoczesnego tematu designu New Edge, był to ich pierwszy pojazd, który w pełni skorzystał z koncepcji samochodu Prodigy. Dzięki temu samochód zyskał ogólny efekt, który wielu krytyków oceniło jako bardziej stonowany i dojrzały, choć znacznie mniej charakterystyczny. Dwie największe wady starego modelu, skromna przestrzeń na nogi z tyłu oraz niekonkurencyjna wersja z silnikiem diesla, zostały rozwiązane poprzez wydłużenie rozstawu osi oraz wprowadzenie nowego silnika diesla Duratorq. Podstawowa konstrukcja podwozia i zawieszenia została przeniesiona z poprzedniej generacji, co oznaczało, że auto zachowało reputację swojego poprzednika w zakresie doskonałego prowadzenia i komfortu jazdy. Ten model Mondeo trafił do Meksyku, zastępując produkowany w Ameryce Północnej model Ford Contour, a sprzedawany był od 2001 do 2007 roku, kiedy to zastąpił go Ford Fusion. Modele Fusion i Ford Five Hundred/Taurus na rynku północnoamerykańskim miały bardzo podobny styl, zarówno wewnątrz, jak i na zewnątrz.
Po wprowadzeniu standardowego wnętrza Volkswagena Passata (B5) w 1996 roku, Ford zwrócił dużą uwagę na wnętrze drugiej generacji Mondeo i był pierwszym producentem masowym, który zareagował na nowy standard wprowadzony przez Volkswagena. Ford zrezygnował z zaokrąglonego wnętrza w stylu amerykańskim z pierwszej generacji na rzecz bardziej stonowanego 'niemieckiego’ designu, który nie tylko wydawał się bardziej wyrafinowany, ale co ważniejsze, był lepszej jakości dzięki zastosowaniu droższych materiałów.
Mondeo uprościło wiele poziomów wyposażenia, na przykład w Wielkiej Brytanii istniały tylko następujące wersje: LX, Zetec, Zetec S, Ghia, Ghia X i ST. Mimo to, w 2003 roku wprowadzono nowe poziomy wyposażenia po faceliftingu. Titanium i Titanium X znalazły się pomiędzy Zetec S a Ghia, natomiast ST220 wprowadzono powyżej ST.
Jak w przypadku swojego poprzednika, bezpieczeństwo pasażerów było istotnym atutem Mondeo z 2000 roku. Dzięki jeszcze mocniejszej karoserii, Ford wprowadził tzw. „Inteligentny System Ochrony” (IPS), który korzystał z „inteligentnej” sieci czujników opartych na sieciach neuronowych, aby zdecydować, jakie kombinacje systemów bezpieczeństwa (tradycyjne poduszki powietrzne dla pasażera, poduszki boczne i kurtyny powietrzne) wdrożyć w danej sytuacji kolizyjnej. Aby poprawić bezpieczeństwo aktywne, wszystkie modele wyposażone były w system ABS oraz elektroniczną dystrybucję siły hamowania, a opcjonalnie dostępny był program ESP. W tamtym czasie Ford reklamował Mondeo jako „jedno z najbezpieczniejszych miejsc, w jakich można być”. Jednak testy Euro NCAP dla Mondeo z lat 2000-2007 wykazały, że chroniło ono gorzej niż większość kluczowych rywali (Vauxhall Vectra, Citroën C5, Toyota Avensis, Volkswagen Passat), uzyskując niższy wynik czterech gwiazdek. Ford przeprojektował część pojazdu, a auto zostało poddane ponownym testom, jednak wyższe niż średnie ryzyko obrażeń klatki piersiowej kierowcy w uderzeniu czołowym pozostało.
Mondeo zyskało status najpopularniejszego samochodu w swojej klasie w Wielkiej Brytanii i utrzymywało tę pozycję przez każdy rok od 2001 roku, chociaż popularność samochodów tej wielkości nieco spadła w latach 2000. Ten model Mondeo nigdy nie uplasował się wyżej niż na szóstym miejscu w oficjalnym rankingu SMMT najczęściej sprzedawanych samochodów w Wielkiej Brytanii. W 2003 roku zajął dziesiąte miejsce na liście.
Silniki
W drugiej generacji Mondeo zrezygnowano z silnika Zetec, wprowadzając nowoczesne silniki Duratec o pojemności 1.8 i 2.0 L. Standardowy silnik V6 o pojemności 2.5 L został przeniesiony, a dla wyższych wersji opracowano 3.0 L.
Niestety, w nowych silnikach benzynowych 1.8 i 2.0 L wystąpił błąd konstrukcyjny związany z zaworami motylkowymi w kolektorze ssącym, co mogło prowadzić do poważnych uszkodzeń silnika w przypadku ich awarii. Plastikowe elementy zaworów motylkowych zużywały się zbyt szybko, a przy odpowiednim luzie mogły się rozpaść, uwalniając metalowe i plastikowe części do cylindrów silnika, co potencjalnie prowadziło do poważnych uszkodzeń silnika. Część ta została ulepszona przez Forda pod koniec 2002 roku do początku 2003 roku, co zapobiegło występowaniu problemów w późniejszych silnikach.
Stary silnik Endura-D o pojemności 1.8 L z turbodoładowaniem został wycofany, a zastąpiono go bardziej zaawansowaną jednostką Duratorq 2.0 L 16v z common rail (TDCi i TDDi) z turbiną o stałej lub zmiennej geometrii, co pozwalało na chwilowe zwiększenie mocy. Ten silnik, w Fordzie znany jako „Puma”-typ Duratorq, po raz pierwszy pojawił się w modelu Transit w słabszej wersji.
Do gamy dodano nową skrzynię automatyczną o nazwie Durashift. Jednostka ta ma pięć biegów i może być zmieniana ręcznie lub w trybie automatycznym. Wprowadzono również sześciobiegową skrzynię manualną, zamiast pięciobiegowej, która była oferowana w poprzednim modelu.
W czerwcu 2003 roku Mondeo otrzymało delikatny lifting, a nowe modele można było rozpoznać po większej, chromowanej kratce chłodnicy, nowym centralnym kokpicie wykonanym z wyższej jakości materiałów, z elektroniczną klimatyzacją, standardowym radiem Forda, radiem Sony lub radiem z nawigacją satelitarną, w którym sprzęt klimatyzacyjny zintegrowano z jednostką. Automatyczna skrzynia Durashift jest teraz dostępna z kontrolą za pomocą kierownicy. Silniki benzynowe również zostały zaktualizowane – wprowadzono nową wersję SCI (wtrysk bezpośredni) silnika Duratec o pojemności 1.8 L, która generuje o 4 kW (5 PS) więcej niż standardowa jednostka. Dodatkowo, wyposażenie zostało ulepszone w całej gamie – komputer pokładowy stał się standardem we wszystkich modelach, a tempomat także jest standardowy w wybranych wersjach i rynkach.
Główną wersją sportową był model ST220, który zastąpił ST200 z poprzedniej serii. Był dostępny w wersjach Liftback, Estate i Saloon. ST220 generował moc 226 bhp (169 kW) z nowo opracowanego silnika V6 o pojemności 3.0 litrów, co pozwalało na przyspieszenie od 0 do 62 mph (100 km/h) w 6.6 sekundy i osiągnięcie maksymalnej prędkości 155 mph (249 km/h). Dostępna była również wersja sportowa ST TDCi, której silnik diesla 2.2-litrowy 4-cylindrowy rozwijał moc 153 bhp (114 kW). Przyspieszała od 0 do 62 mph (100 km/h) w 8.2 sekundy, a jej maksymalna prędkość wynosiła 140 mph (230 km/h).
W modelach wyższej klasy (tzn. Zetec S, Ghia X i Titanium X) były teraz dostępne dwa silniki V6; jeden to istniejący Duratec 25 z poprzedniego modelu, a drugi to Duratec 30; cichsza, bardziej komfortowa wersja silnika ST220 o pojemności 3.0 litrów, która generowała moc 206 bhp (154 kW). Wydajnościowo nie różnił się on zbytnio od ST220, z czasem 0 do 62 mph (100 km/h) wynoszącym 6.8 sekundy oraz maksymalną prędkością 151 mph (243 km/h).