W grudniu 1998 roku Ford wprowadził istotne zmiany w wyglądzie czwartej generacji Mustanga, obejmujące nowy design nadwozia oraz ulepszone układy napędowe.
Ford zaprezentował nowy kierunek stylistyczny w branży motoryzacyjnej. Odświeżony Mustang zyskał bardziej męski wygląd dzięki nowym elementom designu. Niestety, amerykański producent nie zdecydował się na rezygnację z twardego tylnego mostu, który był już przestarzały jak na sportowy samochód z 1999 roku.
Podczas gdy Mustang z 1994 roku nie miał żadnych prostych linii w swoim nadwoziu, model z 1999 roku był prawie jego przeciwieństwem. Kanciaste reflektory i lampy tylne, ostre krawędzie na masce i bokach, a także ekstrawagancki, fałszywy wlot powietrza na tylnych błotnikach. Niektórzy zauważyli jednak, że zachowano ten sam kształt szyby i dla wersji Cobra widoczny był garb na masce.
Wnętrze wciąż charakteryzowało się okrągłymi liniami, z falującą deską rozdzielczą przypominającą oryginalny projekt z panelu Mustanga z 1964 roku, ale z głębokim centrum rozkładu obejmującym konsolę środkową. Fotele przednie były zaprojektowane z myślą o komforcie, ale producent oferował również wersję z wyższym podparciem jako opcję. Z tyłu było trochę miejsca dla dwóch dorosłych, choć z minimalną przestrzenią na głowę. Ponieważ tylni most był daleko od strefy komfortu, każda nierówność na drodze mogła prowadzić do poważnych urazów głowy.