Zaledwie trzy lata po wprowadzeniu drugiej generacji CR-V, Honda zaprezentowała odświeżoną wersję, która pozostawała na rynku przez kolejne dwa lata.
Japoński producent samochodów wstrząsnął światem motoryzacyjnym, gdy w 1996 roku zaprezentował pierwszy model CR-V na Targach Motoryzacyjnych w Chicago. Honda była głównie znana z kompaktowej gamy Civic oraz średniej wielkości sedana Accord, ale nie jako producent SUV-ów. W 2001 roku wprowadziła drugą generację, a klienci masowo szturmowali salony. W Europie głównym problemem był brak silnika diesla. Honda nie była fanem silników na olej napędowy, ale stworzyła taki dla odświeżonej wersji.
Pod względem stylistycznym w samochodzie nie było zbyt wielu zmian, ale reflektory różniły się, wyposażone były w dwa światła do jazdy dziennej i drogowej. Z przodu zderzak miał czarną dolną kratkę oraz plastikowy osłonę. Inni producenci samochodów przyjęli to samo rozwiązanie, malując je na srebrno i nazywając osłoną. Z tyłu, model CR-V z 2004 roku miał tę samą podnoszoną szybę oraz tylną drzwi otwierane na prawo.
Przestronne wnętrze oferowało pięć rzeczywistych miejsc siedzących, z pasami bezpieczeństwa trzypunktowymi dla każdego, co nie było wówczas powszechne. Jednym z działów, w którym CR-V wypadał świetnie, był rozmiar bagażnika, który mógł pomieścić nawet 2040 litrów (72,0 cu-ft) przestrzeni z opuszczoną ławką dzieloną i 950 litrów (33,5 cu-ft) przy siedzeniach w pozycji podnoszonej.