W 2003 roku Hyundai zaktualizował drugą generację modelu Atos, cztery lata po jego premierze.
Podczas gdy pierwsza generacja oraz nieodświeżona wersja drugiej generacji miały styl nadwozia MPV, producent zdecydował, że nowy model powinien bardziej przypominać wysokiego hatchbacka niż małego minivana.
Model z 2003 roku wyposażony był w szersze, prostokątne reflektory oraz kierunkowskazy umieszczone w rogach. W ten sposób pozbyto się dziwnych reflektorów z modelu z 1999 roku, a wprowadzono nową, przeprojektowaną atrapę chłodnicy o odwróconym kształcie trapezu, przeciętą trzema chromowanymi listwami. Jednak koreański producent nie zdołał zmienić wysokiej linii okien, która pozostała bez zmian. Tył pojazdu charakteryzował się nowym wyglądem lamp tylnych, z przezroczystą soczewką w kształcie motyla na obszarze światła cofania.
Wewnątrz, deska rozdzielcza miała otwartą przestrzeń do przechowywania z przodu po stronie pasażera. Kierowca zyskał z kolei zestaw wskaźników z trzema tarczami, z prędkościomierzem otoczonym z boku niecodziennie dużymi wskaźnikami temperatury płynu chłodzącego i poziomu paliwa. W zależności od poziomu wyposażenia, Atos oferował system audio zainstalowany w centralnej konsoli oraz klimatyzację. Hyundai umieścił sterowanie klimatyzacją poniżej radia. Z tyłu, Hyundai zachował kanapę dzieloną w proporcji 50/50, która była składana i chowana.