Po trzech latach obecności na rynku, CLK musiał zostać zmieniony z powodu nowych przepisów emisji Euro 4. Wraz z nowymi silnikami, samochód otrzymał także kilka aktualizacji w designie.
Mercedes-Benz nie miał odpowiedniego coupe klasy E po zakończeniu produkcji generacji W124. Nie miał również nic, co mogłoby stanąć w szranki z coupe serii 3. Dlatego zdecydował się na stworzenie mieszanki coupe opartego na platformie W203 klasy C z elementami stylistycznymi inspirowanymi W212 klasy E.
Model z 2005 roku zachował podobny kształt reflektorów, z podwójnymi okrągłymi lampami po obu stronach. W porównaniu do wersji z 2002 roku, miały one przezroczyste soczewki. Kratka chłodnicy otrzymała trzy żebra zamiast czterech, jak w wersji sprzed faceliftingu. Tylne światła zostały również zaprojektowane na nowo. Oba zderzaki miały nowy design.
Wnętrze zostało wzbogacone o nowy system multimedialny COMMAND 2.0, który zawierał nawigację opartą na DVD. Umożliwiał także integrację z iPodem przez zewnętrzny port umieszczony w schowku. Projekt centralnej konsoli został zmodyfikowany, a dotychczasowe przyciski z klasy C zostały zastąpione nowymi.