Oprócz wersji sedan, wersja kombi pierwszej generacji Klasy E również otrzymała zasłużony lifting w 1999 roku.
Do 1999 roku klienci zaczęli preferować system czterech reflektorów, który wprowadził Mercedes-Benz, zamiast wcześniejszych prostokątnych świateł stosowanych w modelu W124. W Europie obowiązywały nowe normy emisji spalin, a niemiecki producent musiał unowocześnić swoje silniki, aby się do nich dostosować. Dodatkowo wprowadzono kilka zmian w wyglądzie zewnętrznym i wewnętrznym samochodu.
W 1999 roku strategia marketingowa Mercedes-Benz okazała się trafna, gdyż uznano, że projekt czterech reflektorów przyciągnie klientów z innych marek. Zamiast zmieniać ich kształt, zespół projektowy jedynie nieco je przekształcił, nadając im nowoczesny wygląd. Dzięki reflektorom ksenonowym, dostępnym jako opcja, kierowcy byli bardziej zadowoleni podczas jazdy nocą. Kolejną nowością było wprowadzenie kierunkowskazów w osłonach lusterka, co w tamtych czasach było dość nietypowe. Z tyłu, klapa bagażnika pozostała niezmieniona, ale światła tylne zostały nieco przeprojektowane, zachowując jednak ten sam kształt.
Wewnątrz wprowadzono dodatkowe udoskonalenia, a kierownica zyskała przyciski do obsługi systemu infotainment. Ponadto Mercedes-Benz wprowadził system nawigacji z wyświetlaczem LCD umieszczonym w centralnej części deski rozdzielczej. Kolejną modernizacją, tym razem dla całej gamy, były przekształcone nawiewy. Jedną rzeczą, która nie uległa zmianie, był bagażnik, który pozostał na poziomie 600 litrów (21.2 stóp sześciennych) przy złożonych tylnych siedzeniach oraz 1,975 litrów (68.7 stóp sześciennych) przy całkowitym złożeniu kanapy.