Po czterech latach obecności na rynku, trzecia generacja Klasy E została odświeżona w ramach zasłużonego faceliftingu, który obejmował około 2000 zmienionych elementów.
Odświeżona wersja Klasy E w wersji kombi (Station-wagon) zadebiutowała na Międzynarodowych Targach Motoryzacyjnych w Nowym Jorku w 2006 roku. Jedną z pierwszych dużych niespodzianek dla klientów było to, że ceny bazowe dla jednostek cztero- i sześciocylindrowych pozostały takie same jak wcześniej, pomimo że podstawowa wersja z silnikiem diesla zyskała 20 koni mechanicznych więcej.
Na zewnątrz Klasa E otrzymała nowy zderzak i grille, które charakteryzowały się wyraźnym, opadającym kształtem. Mercedes-Benz poprawił detale podwójnej lampy, dodając przezroczystą górną część dla lepszego wzoru oświetlenia. Z tyłu, kombi Klasy E S211 otrzymało diody LED do świateł bocznych. Nowy zestaw progów bocznych i zderzaka tylnego zamontowano w wersji Avantgarde.
Wnętrze wzbogaciło się o nową kierownicę, a system klimatyzacji Thermatic stał się standardem w całej gamie. Do listy opcji dodano nowe materiały i kolory.