W 2006 roku marka Mercury wprowadziła trzecią generację SUV-a Mountaineer, który stanowił wyższej klasy wersję Forda Explorera oraz zastąpił wycofanego z produkcji Lincolna Aviatora.
Podczas gdy niektórzy wybierali prosty Ford Explorer, inni pragnęli czegoś więcej, ale nie tak „krzykliwie” luksusowego jak Lincoln Navigator. Jego wersja podstawowa była usytuowana powyżej najprostszej wersji Explorera, ale poniżej edycji Eddie Bauer, natomiast model najwyższej klasy był najbardziej luksusowym pojazdem opartym na Explorerze. Dzięki temu SUV zdobył dobrą reputację wśród rodzin klasy średniej w USA. Co więcej, zdołał zapewnić wystarczający poziom komfortu nawet dla bardziej wymagających klientów. Choć na pierwszy rzut oka wyglądał jak odświeżona wersja drugiej generacji Mountaineera, oparty był na nowej, dłuższej ramie.
Współdzielenie większości paneli nadwozia z Explorerem nie oznaczało, że Mountaineer nie mógł zachować swojej tożsamości wizualnej. Przód pojazdu miał różne, wyższe reflektory niż jego brat. W rzeczywistości ich kształt przypominał te, które zamontowane były w europejskim Fordzie Fusion z tego samego okresu. Dodatkowo, projekt kratki chłodnicy w formie wodospadu z cienkimi pionowymi żebrami nadawał pojazdowi elegancki wygląd. W zależności od wersji wyposażeniowej, były one chromowane lub po prostu szare.
Jednak najważniejsze zmiany dotyczyły wnętrza. Klienci mogli tam znaleźć fotele z regulacją elektryczną dla pasażerów z przodu, a opcjonalnie nową jednostkę infotainment z nawigacją satelitarną. Skórzana tapicerka również było w ofercie. Dodatkowo, w wersji Premium zaoferowano trzeci rząd siedzeń.