W 1999 roku Horacio Pagani zaprezentował model Zonda na targach motoryzacyjnych w Genewie, co na zawsze zmieniło postrzeganie i sposób budowy supersamochodów.
Pagani zaprojektował ten samochód jako hołd dla jednego z najwybitniejszych kierowców wyścigowych na świecie, Argentyńczyka Juana Manuela Fangio. To jeden z powodów, dla których zdecydował się napędzać swoje supersamochody silnikami Mercedes-Benz. Poza silnikiem, uwagę przyciągał wygląd pojazdu. Był po prostu oszałamiająco piękny.
Na przedzie samochodu znajdowały się cztery indywidualne lampy, które wystawały z błotników. Projekt z przesunięciem kabiny do przodu oznaczał, że większa część nadwozia znajdowała się bliżej przednich kół, a tylna część była pochylona. Kokpit przypominał wnętrze statku kosmicznego, z wąskim, zaokrąglonym końcem. Przedni splitter miał pionowe żebro, które dzieliło przepływ powietrza, jak w bolidzie F1. Producent dodał dwa skrzydła na pokrywie komory silnika z tyłu. Nie były one tylko ozdobą, lecz rzeczywiście generowały docisk. Z tyłu, jak podpis marki, Pagani zestawił cztery rury wydechowe w metalicznoszarym pierścieniu.
Wnętrze Pagani Zonda S było wyrafinowane, idealne dla pojazdu droższego niż Rolls-Royce. Nie było poduszki powietrznej dla kierowcy ani wyszukanych systemów multimedialnych. To był pojazd stworzony do prędkości, a jego wysokie fotele i kierownica o płaskim dnie to potwierdzały.