Po czterech latach obecności na rynku, model 406 potrzebował odświeżenia, a Peugeot mocno pracował nad tym, aby zaoferować swoim klientom lepszy pojazd.
Po połowie lat 90-tych europejscy klienci zaczęli bardziej zwracać uwagę na rankingi bezpieczeństwa. W tej kwestii model Peugeot 406 z 1995 roku nie wyróżniał się, zdobywając zaledwie półtorej gwiazdki na pięć. Jego główny konkurent, Renault Laguna, uzyskał dwie i pół gwiazdki, co zaniepokoiło inżynierów Peugeota, a zarząd wprawiło w złość. Zmieniona wersja z 1999 roku zdobyła trzy gwiazdki.
Nowa wersja była nie tylko bezpieczniejsza, ale także bardziej atrakcyjna wizualnie. Nowe reflektory z wyraźnym oświetleniem i agresywnym wyglądem bardziej odpowiadały europejskim gustom. Szeroki dolny grill w zderzaku, otoczony światłami przeciwmgielnymi, przywoływał sportowego ducha, co w niektórych wersjach było jak najbardziej prawdziwe. Tylne światła były całkowicie czerwone, z niemal niewidocznymi przezroczystymi strefami dla świateł wstecznych.
W środku, przeprojektowana deska rozdzielcza miała nową centralną konsolę z szerszym panelem cyfrowym dla systemu klimatyzacji. W obszarze wskaźników Peugeot przearanżował cyfry na obrotomierzu i wprowadził wyświetlacz na środku, w przeciwieństwie do swojego poprzednika, który miał trudniejsze do odczytania wyświetlacze LCD.