W 1999 roku, Peugeot wprowadził odświeżenie modelu 406, a oprócz sedana i coupe, zaktualizowano również wersję kombi.
Peugeot odniósł ogromny sukces z linią 406, a dzięki swojemu bogatemu doświadczeniu w produkcji samochodów typu kombi, wprowadził ten typ nadwozia także w swoim segmencie samochodów średniej wielkości. Jednak po kilku latach na rynku, auto zaczęło wyglądać na przestarzałe, a Peugeot musiał stawić czoła nowej fali trendu bio-design, który wypchnął Mondeo na czoło list sprzedaży.
Z przodu francuski producent zrezygnował z żaluzjowego grilla z modelu ’96, zastępując go czarną siatkową atrapą. Reflektory otrzymały nowy kąt u góry, co nadało im bardziej agresywny wygląd. Peugeot skrócił uśmiechnięty grill w zderzaku, przekształcił go i dodał parę świateł przeciwmgielnych: od teraz nie będzie już więcej uśmiechniętych twarzy w modelu 406. Z tyłu producent nie planował wprowadzać żadnych zmian.
Wewnątrz pojawiło się więcej zmian na desce rozdzielczej. Producent zainstalował nową tablicę przyrządów z większymi wskaźnikami i chromowanymi obrzeżami. Na przeprojektowanej centralnej konsoli znalazły się nowe przyciski do systemu klimatyzacji oraz nowy system audio. Z tyłu, 406 Station Wagon zapewniało wystarczająco dużo miejsca dla trzech pasażerów oraz dużą, 526-litrową (18.6 cu-ft) przestrzeń bagażową przy wszystkich siedzeniach na miejscu, która mogła pomieścić aż 1,741 litrów (61.5 cu-ft) po złożeniu kanapy.