SEAT oferował model Cordoba jako sedan z trzema boksami dla małego Ibizy, dając swoim klientom wrażenie, że to większy pojazd, mimo że tak nie było.
Hiszpański producent samochodów był już na etapie trzeciego modelu opracowanego pod skrzydłami Volkswagena i zaczynał mieć większe zaufanie do swoich niemieckich partnerów. Wykorzystał nowo opracowaną platformę A04 (PQ24), stosowaną w modelach Polo. To była druga generacja Cordoby, która niestety nie przetrwała długo na rynku, stając się jedną z ofiar światowego kryzysu finansowego i będąc uśmierconą przez SEAT w 2008 roku.
Walter da Silva zaprojektował Cordobę, podążając za trendem bio-designu, z zakrzywionymi liniami na całym nadwoziu. Do słupka C wyglądała podobnie do swojego odpowiednika Ibiza, ale z tyłu miała trzeci boks na bagaż o pojemności 485 litrów (17,1 stopy sześciennej). Z tyłu poziome światła tylnie rozciągały się między cienkimi błotnikami a szeroką klapą bagażnika, wpisując się w styl bio-designu o wydłużonym, zakrzywionym kształcie.
SEAT zainstalował wygodne wnętrze w drugiej generacji Cordoby i oferował szeroką gamę opcji. Automatyczne sterowanie klimatyzacją, szyby elektryczne, lusterka, zamki i system nawigacji były nietypowe dla samochodu z segmentu małych pojazdów. Z powodu małego rozstawu osi, nie było zbyt dużo miejsca na nogi dla pasażerów z tyłu, ale wystarczało dla trojga dzieci i było adekwatne dla dwóch dorosłych.