Trzy lata po wprowadzeniu modelu Cordoba w wersji kombi, hiszpański producent samochodów zaprezentował odświeżoną wersję całej gamy.
Choć wersja kombi nie wymagała odświeżenia po zaledwie trzech latach, reszta gamy potrzebowała zmian, ponieważ miała już sześć lat. Kiedy SEAT wprowadził serię Cordoba w 1993 roku, nie miał wystarczających funduszy, aby stworzyć pełną gamę, więc musiał czekać kolejne trzy lata na wprowadzenie małego kombi. W momencie debiutu, jego wygląd był już przestarzały, a odświeżenie w 1999 roku naprawiło tę sytuację.
Model z 1999 roku miał łagodniejsze krawędzie i kilka zaokrąglonych linii na nadwoziu. Jego reflektory miały krzywiznę na górnej części, podczas gdy ich poprzednik miał prostokątne. W poszukiwaniu swojego wizerunku marka wprowadziła nowe logo na przedzie, otoczone elementem w kolorze nadwozia. Zderzak był nowy i miał kwadratowe światła przeciwmgielne zamiast okrągłych. SEAT wprowadził również klamki w kolorze nadwozia, poprawiając wygląd bocznego profilu. Z tyłu producent zmienił zderzak i dodał czarną gumową listwę.
Wewnątrz marka zaprezentowała całkowicie nową deskę rozdzielczą z lepszą integracją systemu wentylacji oraz gładkimi kratkami wentylacyjnymi na szczycie centralnej konsoli. W obrębie zestawu wskaźników SEAT przyjął styl Volkswagena dla wskaźników, z temperaturą i wskaźnikami paliwa umieszczonymi w środku i na górze panelu.