Pod koniec 1999 roku Ibiza przeszła istotny facelifting zarówno pod względem designu, jak i silników. Niektórzy uznali model z 1999 roku za trzecią generację Ibizy i można to uznać za słuszne.
Jako część rodziny VW, nowa Ibiza miała zupełnie nowy design wnętrza z wykończeniami w jakości VW. Całkowicie nowa deska rozdzielcza była dobrze nachylona w stronę kierowcy, a wszystkie przyciski miały świetne wyczucie. Wszystko było dobrze rozmieszczone, a jakość materiałów użytych do jej produkcji była niezwykła jak na supermini.
Nowa Seat Ibiza miała podzielony grill i odświeżone tylne światła, a także zmienione, nowoczesne tylne lampy. Przeprojektowane zderzaki wyposażono w czarne listwy, aby chronić je przed zarysowaniami. Wszystkie te zmiany, w połączeniu z 16-calowymi felgami, nadały samochodowi bardziej agresywny wygląd niż wcześniej. Jeśli Ibiza z lat 90-tych wyglądała jak pudełko na kółkach, model z 1999 roku miał opływowy i elegancki design.
Choć Ibiza nie była samochodem szybkim, miała w sobie element zabawy i sprawiała wrażenie szybszej niż sugerowałyby to dane techniczne.
Oferując dobrą jakość w stosunku do ceny, Ibiza była wyposażona w standardową klimatyzację, elektryczne okna i centralny zamek, oprócz doskonałej jakości wykonania.
Wszystkie opcje silnikowe zostały przejęte z Volkswagena, a klienci mogli wybierać spośród licznych opcji, w tym mocnej jednostki Diesla o pojemności 1,9 litra i mocy 90 KM.
Pomimo 90 KM, Ibiza nie była materiałem na sportowy hatchback. Niemniej jednak, niskie zużycie paliwa było trudne do pobicia.
Ibiza była autem budżetowym, ponieważ była tania w zakupie, tania w eksploatacji, ale nadal sprawiała wrażenie solidnej i dobrze się prowadziła.