W 2006 roku Seat wprowadził facelifting trzeciej generacji modelu Ibiza, poprawiając samochód we wszystkich aspektach, nie tylko na zewnątrz.
Wersja trzydrzwiowa była sportowa, z kilkoma specyficznymi silnikami. W podstawowej wersji była również najtańsza w rodzinie. Jako właściciel marki, Volkswagen nie chciał inwestować zbyt dużo w Ibizę, ponieważ czwarta generacja była już w trakcie opracowywania.
Jeśli chodzi o zewnętrzny wygląd, producent poprawił przednią część nadwozia. Dodatkowo zainstalował nowy zderzak o bardziej agresywnym wyglądzie. Ponadto środkowy grill w kształcie litery A został otoczony parą pionowych lamp zamiast poziomych, jak w modelu z lat 2002-2006. Z boku, w zależności od wersji wyposażenia, samochód miał czarne lusterka i klamki, podczas gdy najwyższa wersja Cupra miała srebrne lusterka i klamki w kolorze nadwozia.
W środku nie było zbyt wiele do zrobienia w ograniczonym budżecie, więc większość elementów pozostała niezmieniona. Pojawiło się kilka nowych opcji kolorów tapicerki oraz odtwarzacz CD na środkowej konsoli. SEAT zapewnił również przyciski na kole kierownicy do obsługi systemu audio. Jak w poprzedniku, dostęp do tylnych siedzeń był możliwy przez pochylające się do przodu fotele przednie.