Pod koniec 1999 roku Ibiza przeszła znaczący lifting, zarówno pod względem designu, jak i silników. Niektórzy uznają model z 1999 roku za trzecią generację Ibizy i to z dobrych powodów.
Jako część rodziny VW, nowa Ibiza oferowała całkowicie nowy projekt wnętrza z wykończeniami w jakości VW. Nowa deska rozdzielcza była ładnie nachylona w stronę kierowcy, a wszystkie przyciski miały świetny feeling. Wszystko było dobrze rozmieszczone, a ogólna jakość użytych materiałów była niezwykła jak na supermini.
Nowy Seat Ibiza miał nową podzieloną kratkę i odświeżone tylne światła, a także przeprojektowane stylowe światła tylne. Nowe zderzaki miały czarne wstawki, które chroniły je przed zarysowaniami. Wszystkie te zmiany, wraz z 16-calowymi felgami, nadawały samochodowi bardziej agresywny wygląd niż wcześniej. Podczas gdy Ibiza z lat 90. wyglądała jak pudełko na kołach, model z 1999 roku miał krągły i smukły design.
Chociaż Ibiza nie była szybkim samochodem, miała trochę frajdy z jazdy i sprawiała wrażenie szybszej, niż wskazywałyby na to dane.
Oferując dobry stosunek jakości do ceny, Ibiza była standardowo wyposażona w klimatyzację, elektryczne szyby i centralny zamek, oprócz świetnej jakości wykonania.
Wszystkie opcje silnikowe pochodziły z modelu Polo, a klienci mogli wybierać spośród wielu opcji, w tym najpotężniejszej jednostki Diesla 1.9 o mocy 90 KM.
Nawet z 90 KM, Ibiza nie była materiałem na gorącego hatchbacka. Niemniej jednak, niskie zużycie paliwa było trudne do pobicia.
Ibiza była samochodem budżetowym, ponieważ była tania w zakupie, ekonomiczna w eksploatacji, a jednocześnie sprawiała solidne wrażenie i dobrze się prowadziła.