Kiedy SEAT wprowadził drugą wersję faceliftingu drugiej generacji Ibizy, Volkswagen obdarzył ją jednym z najlepszych silników czterocylindrowych na rynku: 1.8-litrowym silnikiem turbo.
Czasami Cupra z 1999 roku była znana jako Ibiza MK3, co jest łatwe do zrozumienia. Jej wygląd znacząco różnił się od Ibizy z 1993 roku. Ponadto, w porównaniu do poprzedniczki, zyskała wiele technologicznych ulepszeń. Drugi facelifting pozwolił hiszpańskiemu producentowi utrzymać model na rynku aż do 2002 roku, co było dłuższym okresem życia niż w przypadku typowego pojazdu z lat 90-tych.
Ibiza Cupra nie trzymała się żadnego konkretnego języka designu. Posiadała przedni pas z zaokrąglonymi reflektorami po wewnętrznej stronie oraz ozdobny element przypominający nos w środkowej części grilla, na którym znajdowało się logo SEAT. Jej zderzak charakteryzował się zdobionym dolnym spojlerem z poziomymi szczelinami i okrągłymi światłami przeciwmgielnymi po zewnętrznej stronie. W przeciwieństwie do słabszych wersji, Cupra miała poszerzone nadkola zarówno z przodu, jak i z tyłu, oraz spojler dachowy na tylnej klapie.
W środku, producent zainspirował się społecznością tuningową i zainstalował białe zegary w desce rozdzielczej z czerwonymi wskazówkami. Zestaw otworowanych aluminiowych pedałów oraz grubsza kierownica były częścią wyposażenia. Jej przednie fotele kubełkowe z wysokim bocznym wsparciem oferowały lepsze trzymanie podczas szybkiego pokonywania zakrętów.