Toyota wprowadziła drugą generację modelu 4Runner pod koniec 1989 roku, oferując zamkniętą karoserię i cztery drzwi, co rozwiązało główny problem pierwszej generacji, ale w konsekwencji zrezygnowano z opcji z otwartym dachem.
Na początku lat 90-tych, kiedy Toyota zaprezentowała drugą generację, moda na SUV-y i crossover’y dopiero się zaczynała. W tamtych czasach SUV musiał radzić sobie z trudnymi terenami, śniegiem oraz głębokim błotem bez większych problemów. Producent wciąż korzystał z tej samej ramy co w przypadku pickupa HiLux, ale dodał kilka udogodnień, które sprawiły, że 4Runner stał się doskonałym samochodem do codziennego użytku, o ile kierowca nie spieszył się.
Dzięki czterodrzwiowej karoserii, 4Runner stał się autem rodzinnym z dnia na dzień. Zachował jednak swoją solidną sylwetkę z płaskim przodem i krótkim zwisem. Zderzak przedni zaprojektowano z chromowanym górnym fragmentem i czarną dolną częścią. Dla tych, którzy wciąż tęsknili za pierwszą generacją, Toyota zaoferowała również wersję dwu-drzwiową, z wysuwanym oknem dla pasażerów z tyłu. Klapa bagażnika otwierała się w dół, jak w pickupie, a tylne okno chowało się do wnętrza.
W środku, Toyota starała się stworzyć wnętrze przypominające samochód osobowy z niskim położeniem siedzenia, co nie było zbyt korzystne podczas jazdy w terenie, ale sprawdzało się w innych sytuacjach. Deska rozdzielcza była prosta, wąska i zakrzywiona. Posiadała szeroki zestaw wskaźników rozszerzający się nad centralnym panelem, gdzie producent umieścił jednostkę sterującą klimatyzacją nad odtwarzaczem kasetowym. Dla pasażerów z tyłu, Toyota zamontowała dzieloną kanapę składaną.