Wprowadzona na rynek europejski i północnoamerykański pod koniec 2005 roku, druga generacja Yaris była naturalną ewolucją swojego poprzednika i była dostępna w wersji trzy- lub pięciodrzwiowej.
Japoński producent samochodów próbował zdominować segment supermini z modelem Yaris. Liczył na przestronność wnętrza oraz reputację Toyoty, aby zwiększyć sprzedaż. W tym celu potrzebował wersji pięciodrzwiowej, która pasowałaby dla małych rodzin potrzebujących takiego auta, z bezproblemową obsługą techniczną. Jednak mimo sukcesu samochodu na kilku rynkach, w konfrontacji z europejskimi producentami nie odniósł sukcesu.
Toyota starała się nadać pojazdowi uroczy wygląd. Przedni pas samochodu miał stosunkowo pionowe reflektory, a grill przypominał pomniejszoną wersję tego z większego modelu Avensis. Dzięki krótkim zwisom i wysokiemu, bąbelkowatemu kształtowi kabiny, oferował przestronne wnętrze. Tył samochodu charakteryzował się niemal pionowym opadaniem klapy bagażnika, ale z zaokrąglonym kształtem.
Wewnątrz, producent umieścił twardą plastikową deskę rozdzielczą z wieloma schowkami z przodu dla kierowcy oraz trzema po stronie pasażera. Było to możliwe dzięki centralnie umieszczonemu panelowi wskaźników, który zapewniał wszystkim pasażerom dobry widok na prędkościomierz. Na tylnych siedzeniach Toyota zainstalowała dzieloną kanapę, która mogła być przesuwana. Dzięki temu można było uzyskać lepszą przestrzeń na nogi lub większą przestrzeń bagażową w razie potrzeby.