W obliczu rosnącego zapotrzebowania na małe, ale przestronne pojazdy, Toyota postanowiła stworzyć minivana opartego na swoim znanym modelu Yaris.
W 1997 roku Toyota zaprezentowała koncept samochodu Reference na Tokyo Motor Show, a tylko nieliczni wierzyli, że producent wprowadzi go do produkcji seryjnej. Jednak wizja stała się rzeczywistością dwa lata później, kiedy to firma wprowadziła na rynek japoński model Fun Cargo. Wkrótce potem Toyota zaczęła eksportować ten pojazd do innych rynków pod nazwą Yaris Verso. W 2003 roku Toyota ulepszyła ten model, zwiększając jego bezpieczeństwo i efektywność paliwową.
W zmodernizowanej wersji Toyota poprawiła przednią część nadwozia Verso, montując reflektory z przezroczystymi kloszami. Zderzak przeszedł lekką aktualizację, z dodatkowymi bocznymi wlotami powietrza, które miały chłodzić hamulce, oraz szeroką atrapą chłodnicy w dolnej części zderzaka. Z bocznych profili projektanci nie mieli możliwości poprawy wysokiego, kanciastego wyglądu nadwozia, i mimo wielu plotek, nie dodano drzwi przesuwanych, pozostawiono także tylne drzwi otwierane na bok.
Wnętrze przeszło kilka drobnych zmian, ale samochód w końcu dostał odtwarzacz CD zamiast starszego odtwarzacza kasetowego. W zależności od wersji wyposażeniowej, Yaris Verso oferował przyciski na kierownicy, co stanowiło największą poprawę.