Volkswagen wprowadził trzecią generację modelu Passat w 1988 roku, opierając ją na nowej platformie oraz nowej koncepcji designu, która wpłynęła na kolejne modele.
W 1993 roku producent zaprezentował mocno odświeżoną wersję swojego średniej wielkości rywala. Ford postawił mocny opór z modelem Mondeo z 1993 roku, co zmusiło Volkswagena do modernizacji swojego modelu. Zamiast nazwać Passata z ’93 faceliftingiem, producent określił go jako Passat B4. Jednak była to ta sama platforma, z tymi samymi szybami i dachem. Zmieniono jednak pozostałe panele nadwozia.
Z przodu projektanci Volkswagena stworzyli nową atrapę chłodnicy z żaluzjami oraz wydłużone, poziome reflektory. W przeciwieństwie do drugiej generacji, model Passat B3/B4 oferowany był jedynie jako sedan z trzema boksami lub kombi, rezygnując z wersji hatchback. Bumpers w kolorze nadwozia z czarną gumową listwą wzdłuż ciała był nieśmiałym krokiem naprzód w porównaniu do poprzednika.
Wnętrze było komfortowe i oferowało zaktualizowany design. Centralna konsola była nachylona w kierunku kierowcy, co ułatwiało dostęp do przycisków i sterowania. W zależności od poziomu wyposażenia i wersji silnikowej, Passat miał fotele przednie z wysokim podparciem lub zwykłe fotele kubełkowe. Volkswagen zamontował kanapę dla dwóch osób z opcjonalnym podłokietnikiem między pasażerami. Kanapa była wystarczająco szeroka dla trzech osób, ale brakowało podparcia dla głowy pasażera siedzącego w środku.
Pod maską Passat oferował wybór spośród ośmiu silników, zarówno benzynowych, jak i diesla. Volkswagen wprowadził na rynek amerykański tylko kilka z nich: turbo-diesla oraz silnik V-6 o pojemności 2.8 litra. Pierwszy był dostępny wyłącznie z pięciobiegową skrzynią manualną, podczas gdy drugi oferował opcję czterobiegowej automatycznej skrzyni biegów.
Trzecia generacja Passata (wprowadzona do sprzedaży w Europie w 1988 roku, w Ameryce Północnej w 1990 roku, a w Ameryce Południowej w 1995 roku) była całkowicie nowym samochodem. Jego opływowa forma znacznie różniła się od kanciastych kształtów poprzednika i była inspirowana stylem „Jelly Mould”, który zapoczątkował Ford z modelem Sierra. Brak grilla sprawiał, że przednia część samochodu przypominała starsze modele Volkswagena z silnikiem umieszczonym z tyłu, takie jak 411.
W tamtym czasie był to pierwszy Passat, który powstał na niezależnie zaprojektowanej platformie, zamiast dzielić ją z modelem Audi. Mimo że samochód, według nomenklatury Volkswagena, nosił oznaczenie B3, w rzeczywistości opierał się głównie na platformie A, stosowanej w mniejszym modelu Golf. Dostępne były tylko wersje sedan i kombi, bez opcji fastback, którą oferowały wcześniejsze modele. Wszędzie sprzedawano go pod nazwą Passat.
Silniki z wtryskiem paliwa były zupełnie nowe i oferowały lepszą wydajność oraz komfort w porównaniu do jednostek wyposażonych w gaźnik. Były montowane poprzecznie, a podłoga została zaprojektowana tak, aby mogła przyjąć system napędu na cztery koła VW Syncro. Nowy silnik V6 VR6 o pojemności 2.8 litra (również stosowany w modelach Golf i Corrado) został wprowadzony na rynek w 1991 roku, co pozwoliło na osiągnięcie maksymalnej prędkości 224 km/h (139 mph) w wersji topowej Passata.
Facelifting z 1993 roku
Passat Mk 3 przeszedł znaczący facelifting w 1993 roku i w związku z tym czasami określany jest jako Passat Mk IV; Volkswagen nawet zmienił nazwę platformy na B4. Ta wersja była dostępna w Ameryce Północnej od 1995 do 1997 roku.
Choć samochód mechanicznie niemal całkowicie przypominał pierwotny Mk 3, to jednak każda zewnętrzna karoseria była nowa, z wyjątkiem okien. Najbardziej widoczną zmianą zewnętrzną było ponowne wprowadzenie grilla, który dopasował się do stylu innych modeli Volkswagena tej samej generacji, takich jak Mk 3 Golf, którego styl nie nawiązywał do oryginalnego Mk 3 Passata. Wersja kombi jednak podkreślała więź z oryginalnym Mk3. Wnętrze również zostało zaktualizowane, a nowoczesne wyposażenie bezpieczeństwa, w tym podwójne poduszki powietrzne z przodu, wprowadzono do modelu.