Czasami lifting modelu wprowadza niewielkie zmiany, które dostrzegają jedynie fachowcy. Dla innych modyfikacje są na tyle znaczące, że trudno nazwać to tylko liftingiem. Liftingowana wersja trzeciej generacji Polo to mix tych dwóch podejść. Z zewnątrz trudno zauważyć różnice. Volkswagen jednak twierdzi, że aż 70% pojazdu jest nowe. Przede wszystkim cała karoseria została ocynkowana, aby zapewnić lepszą ochronę przed rdzą. Następnie mamy ulepszoną gamę silników, a na koniec także nowe jednostki napędowe.
Na Polo z 1999 roku zmodyfikowano niektóre panele nadwozia. Zainstalowano nowe reflektory oraz lampy tylne, aby nadać samochodowi bardziej premium wygląd. Klienci domagali się niektórych cech znanych z marki Audi. Reflektory zyskały bardziej zaokrąglone kształty niż wcześniej. Zmieniono także przedni zderzak. W tylnej części zamontowano nowe, większe lampy tylne, a zderzak został wydłużony, aby zapewnić lepszą ochronę podczas manewrów parkowania.